Instytut Europejski Pro Futuro Europae realizuje swoje cele także współpracując z polskimi, zagranicznymi i międzynarodowymi osobami prawnymi, w szczególności organizacjami pozarządowymi, władzami samorządowymi, administracją rządową, sektorem gospodarczym, środkami masowego przekazu oraz z osobistościami życia publicznego. Poniżej znajdują się opisy i odnośniki do tych organizacji i instytucji, z którymi Instytut współdziała jako oficjalny partner.