Instytut Europejski Pro Futuro Europae realizuje swoje cele także współpracując z polskimi, zagranicznymi i międzynarodowymi osobami prawnymi, w szczególności organizacjami pozarządowymi, władzami samorządowymi, administracją rządową, sektorem gospodarczym, środkami masowego przekazu oraz z osobistościami życia publicznego. Zachęcamy do współpracy także środowiska nauki, kultury, kultury fizycznej w kraju i zagranicą. Zapraszamy do kontaktu z nami i do współtworzenia programów i akcji na rzecz zjednoczonej Europy.
Współpraca ta może przybrać trzy formy: sponsoringu programów lub akcji organizowanych przez Instytut Pro Futuro Europae (sponsorzy i darczyńcy), współpracy jako instytucja partnerska przy organizowanych przez Instytut przedsięwzięciach (instytucja współpracująca) oraz osobistego zaangażowania się w realizowane przez Instytut projekty (współpracownicy Instytutu).