Zagadnienia gospodarcze stanowią istotny punkt zainteresowania Instytutu Pro Futuro Europae. W ten pion programowy wchodzą ogólne i europejskie modele wymiany międzynarodowej, kwestie budowy jednolitego rynku usług finansowych UE, sprawy polityki gospodarczej, konkurencji, a także budżetu Unii i jego wpływu na rozwój Polski. Instytut zajmuje się analizą dokumentów gospodarczych i prawa UE, w tym przede wszystkim postanowień Strategii Lizbońskiej. Tym tematom będzie poświęcona konferencja gospodarcza Instytutu Pro Futuro Europae w 2007r.