Instytut Pro Futuro Europae realizuje programy w trzech zasadniczych obszarach: gospodarczym, politycznym i społecznym. Ważną rolę w działaniach instytutu zajmują programy edukacyjne, w tym edukacji nieformalnej, gdyż jednym z zamierzeń Instytutu Pro Futuro Europae jest wzmocnienie zaangażowania obywatelskiego młodych ludzi w Polsce i w Europie.